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Die Analyte im Überblick


1. OncoBEAM RAS Test (KRAS, NRAS)

Im OncoBEAM Labor benutzen wir den CE-zertifizierten OncoBEAM™ RAS CRC Kit IVD (Sysmex Inostics) zur Bestimmung von 34 klinisch relevanten Mutationen der K-RAS und N-RAS Gene (Codon 12, 13, 59, 61, 117 und 146) für Patienten mit metastasiertem Kolorektalkarzinom. Nicht mutierte RAS-Gene (fehlender Mutationsnachweis) stellen die Voraussetzung für die Behandlung mit anti-Epidermal Growth Faktor-Rezeptor (EGFR) Antikörpern wie Cetuximab oder Panitumumab dar.


2. ddPCR BRAF V600

Aus dem Patientenplasma wird die zirkulierende freie DNA (cfDNA) isoliert und anschließend mittels einer target-spezifischen digitalen droplet PCR (ddPCR) der für die Se-quenzvariationen BRAF V600E (LRG_299:c.1799T>A), V600K (LRG_299:c.1798_1799delGTinsAA) und V600R (LRG_299:c.1798_1799delGTinsAG) relevante Genabschnitt in einer Wasser-in-Öl-Emulsion amplifiziert. Hierfür wird der BRAF V600 Primer und Probe Mix der Firma Biorad verwendet. In der ddPCR wird jedes Molekül durch eine qPCR im Tröpfchenformat, einzeln genotypisiert. Durch unterschiedliche Fluorochrome und mutationsspezifische Gensonden lassen sich mutierte und nichtmutierte Genfragmente unterscheiden und absolut quantifizieren.

Die untere Nachweisgrenze ist abhängig von der Gesamtkonzentration der cfDNA in der Probe und liegt bei vier positiven droplets (99% CI). Die Nomenklatur erfolgt gemäß der aktuellen HGVS Richtlinien (http://varnomen.hgvs.org/)


3. ddPCR EGFR T790M

Aus dem Patientenplasma wird die zirkulierende freie DNA (cfDNA) isoliert und anschließend mittels einer target-spezifischen digitalen droplet PCR (ddPCR) der für die Sequenzvariation EGFR T790M (LRG_304:c.2369C>T) relevante Genabschnitt in einer Wasser-in-Öl-Emulsion amplifiziert, welche anschließend mit Hilfe von fluorochrommarkierten Hybridisierungssonden (mutant bzw. wildtyp) gemessen und quantifiziert werden. Hierfür wird der EGFR Primer und Probe Mix der Firma Biorad verwendet.

Die untere Nachweisgrenze ist abhängig von der Gesamtkonzentration der cfDNA in der Probe und liegt absolut bei sieben positiven droplets. Die Nomenklatur erfolgt gemäß der aktuellen HGVS Richtlinien (http://varnomen.hgvs.org/).

Kontextspalte

Molekulargenetisches Labor und onkologische Diagnostik


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Telefon 0621/383-2224
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